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MicroRNA7数据分析流程

 

MicroRNAmiRNA)属于smallncRNAs,是单链的短RNA,长度在22nt左右。MicroRNA是基因表达的主要调节分子。MicroRNA以序列互补的方式与特异靶mRNA结合,通过降解靶mRNA或抑制其蛋白翻译调控靶基因的表达。MicroRNA不但在基本的生物过程,如发育、应激反应、代谢和基因组完整性维持等方面有基本而重要的调控作用;在疾病的发生发展全过程中,也发挥重要的调控作用。

今天小编来给大家讲一下常规microRNA表达谱芯片分析,大家注意作好记录奥,流程如下:

分步流程:

1. 芯片预处理与标准化

2. 筛选差异表达microRNA

3. microRNA聚类图、火山图以及热图等

4. microRNA靶基因预测,基于多数据库整合的靶基因预测以及上海丰核自主知识产权的预测软件同时识别

5. 对预测的microRNA的靶基因进行GO富集分析通路富集分析等

 

 

同时,常见个性化分析如下:

1. microRNA网络分析:

a)        microRNA靶基因失调网络,在疾病发生的过程中,某些microRNA可能失调了它的靶基因造成正常的调控功能异常,从而造成疾病的发生

 

b)       microNRA功能协同作用网络,正常机体中多个microRNA同时调控某一靶基因很常见,从而达到共同调控某种生命过程的目的,而在疾病个体中可能出现调控同一功能的microRNA同时出现了差异的表达,这种异常的协同作用可能是疾病发生的原因。下图为一个示例协同作用网络:

2. microRNA与其他芯片整合分析:

 

a)    microRNA芯片与lncRNAs芯片结果联合分析(ceRNA Analysis)。根据ceRNAscompetingendogenous RNAs,竞争性内源RNAs假说,mRNAs和长链非编码RNAslong non-codingRNAsLncRNAs)间通过使用microRNA响应元件(microRNA responseelementsMREs)作为一种“语言”彼此间进行“通信”,形成一个复杂的调控网络,在病理条件下(例如癌症),发挥着重要的作用。通过联合microRNA表达谱和Arraystar LncRNA芯片结果,能够找出最有可能的ceRNA,并绘制ceRNA调控网络。上海丰核信息科技有限公司通过分析寻找感兴趣的lncRNA ceRNAs,进而构建miRNAlncRNAceRNA的调控网络,从而揭示ceRNA通过竞争性结合miRNA来调控目的lncRNA的新的调控模式。适用范围:同时具有miRNA表达谱数据和LncRNA芯片数据的样品。

 

b)   microRNAmRNA芯片整合分析。根据表达谱芯片结果和miRNA芯片结果联合分析,进一步定位差异miRNA发挥功能的途径以及相应的差异表达靶基因可能引起的生物学通路变化。首先利用差异表达的miRNA找寻靶基因,将其与表达谱中的差异表达基因取交集。这样能找到既是差异miRNA的靶基因又在表达谱芯片中差异表达的基因,可以进一步缩小miRNA可能影响的基因的范围,能够更加准确地研究这些基因所发挥的生物学功能。适用范围:同时具有mRNA表达谱数据和microRNA表达谱数据的样品,一般情况下用于分析的差异miRNA数目应小于10个。

 

 

c)   microRNAsDNA甲基化芯片结果联合分析。DNA甲基化和microRNA调控是两种重要的表观遗传现象。研究表明,特定microRNA能够作为肿瘤抑制microRNA靶向DNA甲基转移酶(DNAmethyltransferaseDNMT)。例如miR-29家族microRNA靶向DNMT 3A3B,导致全基因组DNA甲基化的改变。同时,抑癌microRNA的启动子甲基化程度的改变也会影响癌症(例如多发性骨髓瘤)的发生。联合 microRNAsDNA甲基化芯片结果能够研究两者之间的复杂调控关系,更好地理解癌症发生的机制。适用范围:同时具有microRNA表达谱数据和甲基化谱数据的样品。
3. 与临床数据整合分析

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