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BioProfiling.de:gene/protein list综合注释工具

对于芯片或者测序数据得到的gene/protein list, 为了从中进一步缩小研究范围,功能分析是最常用的方法。通常我们会对其进行KEGG信号通络或者GO富集分析。今天小编向大家介绍一个gene/protein list综合注释工具——BioProfiling.de[1].

BioProfiling.de是一款免费的在线分析工具,其网址为http://www.bioprofiling.de/index.html。

Table 1展示了该工具目前所涵盖的功能

Gene/protein 功能和相互作用的背景知识(prior knowledge)大致可以分为两类:一类是基因根据不同的特点分为不同的组,如GO注释;另一类是基因之间的形成网络,如PPI,KEGG等。对于不同类型的知识,BioProfiling.de分别用三种不同的statistical framework进行:standard enrichment(超几何检验),ProfCom[2](适用于第一类背景知识)和Global Network(spider tools, 适用于第二类背景知识)。

 

进入BioProfiling.de的首页,侧边栏显示了BioProfiling.de的功能模块(Decression of XXX),如图1所示。目前只有红框的部分完成,其他仍在搭建中。BioProfiling.de目前可以对gene/protein list 进入如下的注释:GeneOntology,KEGG and Reactom pathway ,IntAct,CCancer( an automatically collected database of gene lists),GeneSet2MiRNA(根据gene list富集相关的miRNA调控模块),PLIPS(an automatically collected database of protein lists reported by proteomics studies).

图 1.BioProfiling.de模块

BioProfiling.de的使用非常简单,用户只需要输入gene/protein list既可以了

BioProfiling.de会对gene/protein list从多个角度(图1红框框出的部分)进行注释,耗时可能会有点长。用户需要不断的刷新,直到输出结果:

对于富集显著性用不同的颜色标注,红色pvalue <0.01,黄色:0.05<pvalue<0.01,灰色不显著。

用户可以点击Link to results查看每项的详细信息。

BioProfiling.de从多个角度对gene/protein进行注释,功能非常强大,在此小编推荐给各位。

参考文献:

1. Antonov A V. BioProfiling. de: analytical web portal for high-throughput cell biology[J]. Nucleic acids research, 2011: gkr372.

2. Antonov A V, Schmidt T, Wang Y, et al. ProfCom: a web tool for profiling the complex functionality of gene groups identified from high-throughput data[J]. Nucleic acids research, 2008, 36(suppl 2): W347-W351.

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