蛋白质组学

【宏蛋白质组】搜库工具简介与评估

宏蛋白质组数据分析相对较难,不同于常规蛋白质组分析,因为数据库太大,无法直接进行搜库匹配,需要对数据库进行优化。整理了几个发表的宏蛋白搜库分析工具。具体效果如何,还需要测试。

1.ProteoStorm

发表:ProteoStorm: An Ultrafast Metaproteomics Database Search Framework
Github:https://github.com/miinslin/ProteoStorm
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2. MetaPro-IQ

主要针对肠道样本搜库的分析策略,采用3步迭代法。没有打包成工具。
发表:MetaPro-IQ: a universal metaproteomic approach to studying human and mouse gut microbiota
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3.diatools

针对DIA肠道菌群数据。
发表:Data-Independent Acquisition Mass Spectrometry in Metaproteomics of Gut Microbiota—Implementation and Computational Analysis
Github:https://github.com/elolab/diatools
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4. Unipept

主要针对下游分析,如物种注释和功能分析。特点,直接从肽段水平去做物种和功能注释。
发表:Unipept 4.0: Functional Analysis of Metaproteome Data
工具:https://unipept.ugent.be/
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5.MetaProteomeAnalyzer

采用的是两步搜库法。
发表:The MetaProteomeAnalyzer: A Powerful Open-Source Software Suite for Metaproteomics Data Analysis and Interpretation
MPA Portable: A Stand-Alone Software Package for Analyzing Metaproteome Samples on the Go
Github:https://github.com/compomics/meta-proteome-analyzer
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